El río Lerma se ha convertido en un colector público de aguas residuales, sin signos de vida acuática, desde su nacimiento a la altura del primer canal que lo alimenta, es decir, a la salida de la laguna Chignahuapan o de Almoloya del Río.

Estudios recientes confirman que en el tramo comprendido, desde el nacimiento del río Lerma hasta la presa de Antonio Alzate, se encuentra en condiciones sépticas debido fundamentalmente a la descargas de aguas residuales de 128 industrias instaladas en las márgenes y el depósito anual de 10 mil 45 toneladas de materia orgánica, que resulta “ofensivo a la vista y al olfato”.

Una investigación realizada por la Secretaría de Medio Ambiente estatal denominado Reseña Histórica del Recorrido de Aguas de Cuencas muestra que las condiciones sépticas del río Lerma prevalecen todo el año, debido a las descargas de aguas residuales provenientes del canal de la ciudad de Toluca, el cual, tan sólo en 1989, trasportaba el producto de 75 industrial de diferentes ramas productivas, ubicadas en el corredor industrial Lerma Toluca.