Una de las controversias es del municipio Cañadas de Obregón, debido a que se desatendieron los argumentos para detener la obra, la otra la interpuso el Congreso de Jalisco por acciones presuntamente fuera de norma, por parte de los gobiernos de Jalisco y Guanajuato; y la tercera, se interpuso por la Fundación Cuenca Lerma-Chapala, para que Jalisco conserve el agua del Río Verde, expone el titular de la misma Manuel Villagómez.

“Pues ahora la lucha se da allá en el Supremo Tribunal de Justicia, la fundación que logro presidir estará poniendo otro amparo, apoyando a estas gestiones, tenemos pues fe en que pronto vendrá esta agua que se pronunció por Guanajuato”.

Se prevén más recursos judiciales contra la altura de la cortina de la presa, para que no se inunden tres localidades centenarias.