La presencia de materiales pesados, sedimentos y una alta concentración de heces fecales, entre otros, podrían hacer desaparecer la flora y la fauna existente en ese lugar.

En un documento elaborado por el especialista Wilson Cálix se propone la construcción de sistemas de tratamientos de agua adecuadas para todas las comunidades aledañas, la instalación de un sistema de tratamiento para la mina cercana y el retiro inmediato del cultivo de tilapia.

La región del Lago de Yojoa tiene un bosque latifoliado y una alta biodiversidad de bosques húmedos, que permiten un ecosistema diverso.

Según en la investigación realizada por Wilson Cálix hay 802 especies de plantas y 141 familias registradas, lo que representa la flora regional más diversa identificada en Honduras hasta la fecha. Estas 802 tipos de plantas representan el 10.6 por ciento de la flora nacional.

La cuenca guarda todas las especies de plantas en Honduras, entre otras. Algunas no existen en ninguna parte del mundo.

Los bosques latifoliados son húmedos y los helechos son particularmente diversos con 169 especies reportadas, esto representa el 24.7 por ciento de los helechos registrados en Honduras, incluyendo una especie endémica registrada en la montaña de Santa Bárbara.

Hay una flora acuática muy diversa, con 71 especies de plantas acuáticas y emergentes reportadas, esto representa el 86.5 por ciento de la existente en el país.

Por otro lado, se han enumerado 407 especies de aves que representan el 55 por ciento del total de Honduras, este dato es ligeramente menor a las 410 especies de aves reportadas en el Río Plátano.

Han sido reportadas 66 especies de aves acuáticas, lo que significa el 88 por ciento del total existente en todo el territorio nacional. La importancia del Lago para las especies acuáticas residentes y migratorias es incuestionable.

Hasta la fecha hay cerca de 10 investigaciones que plasman el problema que hay en el sector y la realidad del Lago de Yojoa, pero hasta ahora el gobierno no ha hecho nada para remediarlo.