El origen de esta contaminación difusa esta vinculado a prácticas agrícolas y formas de utilización de la tierra, incluidas las granjas de engorde. Se aprecia que entre los factores que más contribuyen a ella están los métodos agrícolas de producción intensiva, que han supuestos un uso creciente de abonos químicos, y la concentración de un gran número de cabezas de ganado en pequeñas parcelas, explican desde la Consejería de Fomento y Medio Ambiente.

El principal problema tóxico es la metahemoglobinemia en los niños menores de 4 meses («síndrome del bebé azul»). Salvo en estos casos, el portal de Salud de la Junta advierte de que los nitratos no representan una amenaza «seria» y que «no hay evidencias científicas ni se han detectado cuadros clínicos de intoxicación por exposición prolongada».

Otro problema asociado al exceso de nitratos en las aguas, es el de la eutrofización de los ecosistemas acuáticos, que pone en riesgo su equilibrio. Así, en un sistema estable la luz penetra hasta la profundidad adecuada, se permite la fotosíntesis, los peces están en capas profundas y las bacterias descomponen los organismos muertos, pero si se da un exceso de nutrientes, como los nitratos, las algas crecen desordenadamente, se impide el paso de la luz, se reduce el contenido de oxígeno y la materia orgánica se descompone «difícilmente».

Dados los efectos que en ecosistemas y en salud pública que ocasiona la contaminación difusa, la Junta de Castilla y León ya en 1998 designó las zonas vulnerables y aprobó por decreto un código de buenas practicas agrarias que se actualizó en 2009. En 2016, inició la revisión de las áreas y de los programas de actuación para poder abordar las tareas preventivas.

Del estudio de la problemática se ha llegado a la «conclusión» de que «la mejor manera de poder realizar acciones preventivas que conduzcan a la reducción de la contaminación de nitratos» es proponer la declaración de las zonas vulnerables que se pueden observar, al tiempo que se actualiza el Código de Buenas Prácticas Agrarias, que es el eje sobre el que se desarrollarán todas las acciones.

Se trata de técnicas y pautas generales que se deben aplicar para «una mejor gestión en el desarrollo de los trabajos agrarios, de modo que, garantice el respeto, protección y mejora del medio ambiente». El código, que es de carácter voluntario, pone a disposición de los trabajadores del sector primario la información necesaria para que la actividad que se desarrolla no perjudique a los suelos, mantenga la calidad de los mismos, mejore la productividad de los cultivos y, en definitiva, se realice de «una forma racional».

Las recomendaciones marcan principios generales de la fertilización, tipos de fertilizantes orgánicos que se pueden usar, las correctas fórmulas de aplicación, los períodos en que los que es recomendable, el diseño de los depósitos de almacenamiento de estiércol o la gestión del uso de la tierra con referencia a los sistemas de cultivos, entre otras cuestiones.