La contaminación del río Santiago, que atraviesa los municipios El Salto y Juanacatlán, donde se encuentra uno de los corredores industriales más importantes del país, con alrededor de 400 plantas de sectores que van de la química, la celulosa hasta partes de automóviles, tiene al menos tres décadas, pero los efectos dañinos a la salud y al medio ambiente durante los años recientes se acentuaron. Ante la falta de respuesta del gobierno estatal, ciudadanos han interpuesto diversas quejas y denuncias en instancias nacionales e internacionales, sin obtener solución.